今天人们记得的蔡元培，多半是北京大学的校长：「思想自由，兼容并包」，新旧学者同在一校，陈独秀与辜鸿铭同领薪水。他作为国民党元老的一面，常常被略过。蔡元培是光复会的首任会长、同盟会的早期成员，南京临时政府的教育总长，1927年以后又担任国民党中央监察委员、国民政府委员，主持大学院和中央研究院。他的政治生涯与国民党从革命党到执政党的转变几乎同步，其中的若干选择，与他在北大的形象并不一致。

从翰林到革命党

蔡元培1868年生于浙江绍兴，1892年成为翰林院编修。戊戌变法失败后，他辞官南归，在绍兴、上海办学。1902年，他与叶瀚、蒋智由等人在上海发起中国教育会，并创办爱国学社和爱国女学。1904年，光复会在上海成立，蔡元培任会长；1905年同盟会成立后，他加入同盟会，主持上海分会。这一时期，他与革命同志研究过炸药，也参与过暗杀活动的筹划。

1907年，蔡元培赴德国，在莱比锡大学（Leipzig University）听课四年，研究哲学、心理学和美学。辛亥革命后回国，1912年1月出任南京临时政府教育总长，提出军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育「五育」并举，废除读经科。同年7月，他与宋教仁等同盟会阁员一起辞职，抗议袁世凯架空内阁，随后再度赴欧。

1917年出任北京大学校长以后的十年，是蔡元培声望最高的时期。他本人在这段时间与国民党的组织关系并不密切，1923年初，他因北洋政府在罗文干案中干涉司法、不满教育总长彭允彝的作为而辞职，再赴欧洲，直到1926年才回国。

1927年的选择

1926年国民党召开第二次全国代表大会，蔡元培当选中央监察委员。北伐军进入江浙以后，他回到上海和杭州，与吴稚晖、张静江、李石曾等人同属国民党内反共的元老派。1927年4月2日，国民党中央监察委员会在上海开会，吴稚晖提出检举共产党人「谋叛」的呈文，蔡元培出席会议，支持清党。十天之后，上海发生四一二事件。

这一选择常被后人拿来与北大的「兼容并包」对照。蔡元培的政治立场有其来历：他早年信仰无政府主义，与吴稚晖、李石曾在法国共同推动勤工俭学，对苏联式的组织与阶级斗争学说素无好感；在他看来，国民党应当由国民党人自己领导。清党的方式与规模，则远远超出了一场党内争论所能容纳的限度，大批青年在各地的清党中被捕被杀，其中不少人正是新文化运动培养出来的学生。蔡元培后来很少公开谈论这段经历。

大学院与教育独立

1922年，蔡元培发表《教育独立议》，主张教育经费、行政和内容都应独立于政党和宗教之外，由教育家自主办理。南京国民政府成立后，他得到了一次实践的机会。1927年，国民政府仿照法国的制度设立大学院，取代教育部，蔡元培任院长；在江苏、浙江和北平试行大学区制，由大学校长兼管区内的教育行政。

这套制度在实行中遇到了多方面的反对：中小学教师认为大学区制重大学、轻基础教育，地方政府不愿交出教育经费和人事权，国民党内也有人指责大学院脱离党的领导。1928年，大学院改回教育部，大学区制随后停办，前后不过一年多。教育独立的主张，在一个以党治国的体制里很难落地。

中央研究院

蔡元培在南京政府时期最持久的成就，是中央研究院。1928年，中央研究院正式成立，蔡元培任院长，直到1940年去世。他请来杨杏佛任总干事，傅斯年主持历史语言研究所，李四光主持地质研究所，此后又有物理、化学、天文、气象、心理、社会科学等研究所陆续建立。历史语言研究所在安阳殷墟的发掘，是中国考古学最早的系统田野工作之一。

中央研究院虽由国民政府设立，蔡元培一直力求让它按照学术的标准运作：研究人员的聘用以学术成就为准，研究方向由各所所长决定。在国民政府的众多机构中，中央研究院较少受到党务的干预，这与蔡元培的资望直接有关。

与党国的距离

1928年以后，蔡元培名义上身居高位，与南京的实际政治却渐行渐远，他大部分时间住在上海，专心于中央研究院的事务。1931年九一八事变后，各地学生到南京请愿，要求对日作战。12月15日，蔡元培与陈铭枢在国民党中央党部接见请愿学生，被激动的学生殴打，蔡元培时年六十三岁。

1932年12月，宋庆龄、蔡元培、杨杏佛、鲁迅、林语堂等人在上海组织中国民权保障同盟，宋庆龄任主席，蔡元培任副主席，杨杏佛任总干事。同盟要求释放政治犯，废除酷刑，争取结社、集会、言论和出版自由，多次营救被捕的革命者和进步人士。一位国民党中央监察委员公开为共产党嫌疑人争取法律保障，在当时引起国民党内部的强烈不满。1933年6月18日，杨杏佛在上海中央研究院门前被特务暗杀。同盟随即停止活动。

杨杏佛是中央研究院的总干事，也是蔡元培最倚重的助手。他的死，是对蔡元培的直接警告。此后蔡元培更少参与政治，把精力放在学术机构的维持上。

最后的岁月

蔡元培一生与国民党的关系，从革命同志到党国元老，从参与清党到组织民权保障同盟，前后并不一贯。贯穿其中的，是他始终把教育和学术看作独立于政治的事业。1927年，他在党派斗争中站在了清党一边；此后十几年，他又努力在党国体制中为学术保留一块自主的空间。这两种选择出自同一个人，其间的反差，也是国民党从革命党转为执政党过程中许多元老共同的处境。

1937年上海沦陷后，蔡元培于11月离沪赴香港，原打算转往重庆，因年老多病，滞留香港。1940年3月5日，他在香港病逝，终年七十二岁，葬于香港仔华人永远坟场。国民政府为他举行了隆重的公祭，毛泽东也发去唁电，称他为「学界泰斗，人世楷模」。