1941年12月8日，日本对美英开战的第二天，日军占领了美国洛克菲勒基金会在北平开办的协和医学院和协和医院。1942年初，医院正式关闭，医生、护士和学生陆续离散。协和妇产科主任林巧稚没有离开北平。她在东城东堂子胡同租下房子，开设了一家私人妇产科诊所，同时到中和医院（今北京大学人民医院的前身）主持妇产科。诊所收费有高有低，对无力付费的病人，她常常减免诊费。这家诊所一直开到抗战胜利之后。
鼓浪屿到协和
林巧稚1901年生于福建厦门鼓浪屿，家境并不宽裕。据她的传记，她五岁时母亲死于宫颈癌。她在鼓浪屿的女子学校和厦门女子师范读书，毕业后留校任教。
1921年，她到上海参加北京协和医学院的入学考试。协和医学院由洛克菲勒基金会下属的中华医学基金会（China Medical Board）创办，1917年开办，按照美国约翰斯·霍普金斯大学医学院的标准办学，全部课程用英语讲授，学制八年，淘汰率很高。关于这次考试，有一个流传很广的说法：英语笔试时，一位女考生中暑晕倒，林巧稚放下试卷去照顾她，没能答完题目，监考人员把这件事报告给学校，校方综合考虑她的成绩和表现，仍然录取了她。林巧稚进入协和，先读预科。1929年，她以优异成绩毕业，获得纽约州立大学的医学博士学位，同时获得协和颁给最优秀毕业生的「文海奖学金」。
毕业后，林巧稚留在协和医院妇产科做住院医师，在妇产科主任马士敦（J. Preston Maxwell）等外籍医生手下接受严格的训练。1930年代，她先后到英国伦敦、曼彻斯特和奥地利维也纳进修，1939年又到美国芝加哥大学医学院进修。1940年回国后，她被任命为协和医院妇产科主任，是担任这一职务的第一位中国人。
协和的训练
协和医学院是洛克菲勒基金会在海外投入最多的医学教育项目。1921年，协和在北京东单三条的新校舍落成，建筑采用中国宫殿式的外观、绿色琉璃瓦屋顶，内部是当时最新的医院和实验室设备，基金会为此举行了隆重的落成典礼，林巧稚正是这一年入学的。协和的学生先读三年预科，再读五年医本科，最后一年在医院实习，每一届只录取几十人，淘汰率很高，女生更是少数。
协和医院实行美国约翰斯·霍普金斯医院的住院医师制度。住院医师住在医院里，对分管的病人二十四小时负责，随叫随到，病历要求记录完整，每一项检查和处理都要写明理由，上级医师定期查房、逐项核对。在这个制度下，住院医师一般不许结婚，经过几年的筛选，只有少数人能升为总住院医师，进而成为主治医师。林巧稚在这里接受了完整的训练，协和的病历制度和对临床细节的要求，此后一直是她工作的基本准则。
协和关闭的年代
太平洋战争爆发后，日军占领协和，将医院改为日军使用，外籍教职员被拘禁或遣返，中国医生分散到北平和后方的各家医院。有些人辗转到了重庆、成都。林巧稚选择留在北平，她的诊所和中和医院的妇产科，在战时的北平为许多家庭提供了产科服务。
战后的协和
1948年，协和医院在战后复院，林巧稚回到协和，重新主持妇产科。1949年以后，她一直留在北京，协和医学院在1951年收归国有。她先后担任中国医学科学院副院长、北京协和医院妇产科主任，1955年当选中国科学院学部委员。
林巧稚的专业兴趣集中在产科和妇科肿瘤。1950年代末，她主持在北京地区对数万名妇女进行子宫颈癌普查，这是中国较早开展的大规模妇科肿瘤普查之一，为后来的早期筛查和防治积累了数据。她还研究新生儿溶血症、滋养细胞肿瘤等疾病，主持编写了《妇科肿瘤》等著作，培养了宋鸿钊等一批妇产科专家。
1950年代到1960年代，协和妇产科在绒毛膜癌等滋养细胞肿瘤的治疗上取得了重要进展。绒癌过去几乎是不治之症，宋鸿钊等人在林巧稚的支持下，摸索出大剂量化学药物治疗的方案，大幅提高了治愈率，并使许多患者保留了生育能力，这项成果后来获得国家的科学技术奖励。协和妇产科还与儿科合作，较早在国内开展新生儿溶血症的换血治疗。
她很重视基层妇幼保健。1950年代，全国推广新法接生，取代旧式接生婆在不消毒的条件下接生，以降低产妇和新生儿因感染而死亡的比例。林巧稚参与了相关的培训和指导，晚年还主编了《家庭育儿百科大全》等面向普通家庭的读物。她长期担任全国人大代表、中华医学会副会长等职。
一生未婚
林巧稚终身未婚。她的时间几乎全部用在病房和门诊，经常深夜被叫去处理难产。关于她亲手接生的婴儿人数，通常的说法是五万多名，许多在协和出生的孩子，出生证上签着她的名字，人们称她为「万婴之母」。她对病人记录要求极严，协和妇产科的病历在她的主持下保存得非常完整。
1983年4月22日，林巧稚在北京去世，终年八十二岁。她留下遗嘱：个人积蓄三万元捐给北京协和医院的托儿所；遗体交给医院作医学解剖研究；骨灰撒在家乡鼓浪屿的海上。家人和医院按照她的意愿办理。如今鼓浪屿上有一座「毓园」，是为纪念她而修建的。
生平简表
- 1901年 生于福建厦门鼓浪屿。
- 1921年 考入北京协和医学院。
- 1929年 毕业，获医学博士学位和文海奖学金，留协和妇产科任住院医师。
- 1930年代 赴英国、奥地利进修。
- 1939年 赴美国芝加哥大学医学院进修。
- 1940年 任协和医院妇产科主任。
- 1942年 协和关闭，在东堂子胡同开设私人诊所，兼任中和医院妇产科主任。
- 1948年 回到复院的协和医院。
- 1955年 当选中国科学院学部委员。
- 1983年 在北京去世。
